همراهان ایشان، مرحوم سید مهدی بحرالعلوم و سید محمدجواد عاملی (صاحب مفتاح الکرامه) نقل میکنند که شیخ جعفر داخل بیتالله الحرام شد و چنین دعا کرد: «خدایا، خاندان و ذریه ام را بی فقیه مگذار!»، سید بحرالعلوم به او گفت: «ای شیخ: خدا دعایت را مستجاب خواهد کرد».